پیکسل 3 و پیکسل 3 XL به عنوان آخرین پرچم‌داران گوگل، از همان ابتدای ورود به بازار دارای اشکالات نرم‌افزاری متعددی بودند که تمامی آن‌ها توسط گوگل مورد بررسی قرار گرفت. در کنار این اشکالات نرم‌افزاری، مشکل تازه‌ای در گوشی‌های جدید گوگل مشاهده شده که در اثر آن متن پیامک برخی از کاربران ناپدید می‌شود.
گفته می‌شود این باگ بعد از انتشار آخرین پچ به‌روز رسانی گوگل در ماه نوامبر بوجود آمده است. این احتمال وجود دارد که هم کاربران پیکسل 3 و هم کاربران پیکسل 3 XL تحت تاثیر این مشکل قرار گرفته باشند، اگرچه هنوز مشخص نیست که آیا این اشکال در سخت‌افزار پیکسل 3 وجود دارد و یا اپلیکیشن پیامک این گوشی درگیر آن شده است. علاوه بر این، کاربران دیگر پیکسل 3 از سوسو زدن صفحه نمایش گوشی خود شکایت کرده‌اند.
از سوی دیگر، گوگل به تازگی مشکل مدیریت RAM گوشی‌های خود را بررسی و اعلام کرد که تا هفته آینده این ایراد را بر‌طرف خواهد کرد.